Montag, 10. Mai 2010

Geek-Alarm: Synchrotron Ofxord

Freitag vor anderthalb Wochen ging es für uns mit der Arbeit zum Synchrotron bei Oxford. Wenn ihr wisst, was ein Synchrotron ist, dann wisst ihr mehr als ich vor ein paar Wochen: Es ist ein Teilchenbeschleuniger, der neueste in GB und noch nicht zu Ende gebaut. Wie der Name schon sagt, werden ein einem Teilchenbeschleuniger Teilchen - in diesem Fall Elektronen - auf große Geschwindigkeiten beschleunigt. Diese können dann unter anderem dazu verwendet werden um Proteinstrukuren aufzuklaeren. Dazu wird der Elektronenstrahl auf Proteine "geschossen", durch die Interaktion gebeugt also abgelenkt und auf einem Detektorschirm aufgebildet. Aus dieser Ablenkung kann dann auf die Struktur des Proteines zurückgeschlossen werden. Da ein einzelnes Protein zu klein da wäre wird es vorher kristallisiert. In diesem Kristall sind die einzelnen Proteine regelmäßig angeordnet und das Signal wird so ausreichend vertsärkt um brauchbare Daten zu erzeugen. Je geordneter der Kristall dabei ist, desto höher die Auflösung aber es ist nicht so einfach solche Kristalle zu erzeugen. Naja, das war die Ultra-Kurzfassung der Methode ;) Wie das Ganze genau funktioniert, werde ich erst noch lernen.


Wir hatten ueber 100 Kristalle und 24h Stunden Zeit diese zu analysieren. Jeder Kristall wird erst mal nur kurz beschossen um zu sehen, ob er schoen geordnet ist und ob es ueberhaupt ein Proteinkristall ist und kein Salzkristall. Die Pufferloesungen, in denen die Kristalle formen enthalten relativ hohe Salzkonzentrationen und so passiert es schnell, dass ein noch so vielversprechender Kristall gar nicht aus Proteinen besteht. Nur wenn der Kristall gut aussieht werden auch wirlich Daten gesammelt, in der Regel wird er etwa 200mal beschossen. Im Prinzip macht ein Roboter die meiste Arbeit: Man kann ihm bis zu 64 Kristalle geben und er haelt die dann auf Befehl einzeln in den Elektronenstrahl. Das Ganze passiert in einer Art Hochsicherheitskaefig, der verschlossen ist solange geschossen wird. Dieser Kaefig ist etwa 4x8m gross, der Roboter nimmt hoechsten 2m^2 ein und  ansonsten ist das Ganze voller Maschinen. Ein Kristall ist etwa ein zehntel eines Millimeters gross. 
Manchmal sind die Kristalle zu sehr vereist (sie werden in fluessigem Stickstoff transportiert und gelagert) und muessen angetaut werden. Und da beginnt der Spass! Elektronenstrahl abschalten, Kaefig oeffnen, Kristall enteisen, mehrere Knoepfe druecken um zu beweisen, dass der Raum nach Personen abgesucht wurde, Kaefig schliessen und Elektronenstrahl wieder einschalten. Normalerweise verbessert das die Qualitaet der Daten (da das stoerende Eis weg ist), meine Kristalle gehoerten zu den 5% die dabei kaputt gehen :(
Ich hatte ein gutes Dutzend Kristalle, zwei verschiedene Proteine. Das erste Protein war ein MHC Molekuel, ein Zelloberflaechenprotein, das ein Eppstein-Baar-Proteinfragment praesentiert und das zweite Protein war das gleiche MHC Molekuel mit Proteinfragment das den dazugehoerigen T-Zell Rezptor gebunden hat. Besonders zweite Struktur war besonders interessant, weil sie Aufschluss ueber die Interaktion dieser zwei Proteine geben kann.
Kurz und gut: einige der Kristalle des ersten Proteines ergaben brauchbare Daten, die Aufloesung ist leider nicht so hoch wie wir das gerne gehabt haetten aber nun gut. Die restlichen Kristalle waren leider entweder ungeordnet oder Salz. Aber ein gutes Datenset ist schon ein grosser Erfolg! Und so werde ich eine nette bunte Struktur in meiner Diplomarbeit haben :) Ausserdem werde ich versuchen noch bessere Kristalle sowie Kristalle des Komplexes zu zuechten! Meine Struktur ist nicht die wichtigste deshalb muss ich noch warten, bis ich lerne wie das Ganze funktioniert und wie man von den Rohdaten zur fertigen Struktur kommt.

Ihr merkt schon, mir hat das ganze gut gefallen! Ueberhaupt, das ganze Sychrotron war unglaublich faszinierend. Dieser riesige Ring in der Mitte, die grossen Magnete, die vielen Maschinen und Computer, jeder mit mehreren Bildschirmen und unheimlich viele Geeks! In der Kantine kam ich mir vor wie in der Mensa in Strasbourg ;) Ich fuehlte mich selber wie in Geek und wohl dabei!
Auch wenn es an der Uni zu einem der uninteressantestens Faecher gehoert hat, ist Strukturbio und Kristallographie unheimlich spannend wenn man es mit einer interessanten Fragestellung im Vordergrund macht. Ich haette ja nie gedacht, dass ich das jemals sagen wuerde aber mir macht das Spass und ich freue mich schon drauf, mehr darueber zu lernen :)

Nachtrag: Die Tatsache, dass ich über eine Woche gebraucht habe um meinen Beitrag zu schreiben und fertig zu stellen, sollte wohl deutlich zeigen, dass ich auf der Arbeit zur Zeit alle Hände voll zu tun habe. Abends bin ich dann ganz schön müde und komme nicht mehr zu viel. Spaß macht's troztdem!




Alors, le resumée francais va être très concis cette fois-ci : vendredi il y a 10 jours, nous sommes allés au Synchrotron près d'Oxford. C'est un accélérateur de particules et nous sommes y allés pour analyser nos cristaux de protéines et de determiner la structure de ces protéines.
C'était vraiment très bien ! Je me suis bien amusée et ca faisait longtemps que j'étais tellement fascinée par quelquechose. Rien que le taille du bâtiment  ! Il y a plein de robots et d'ordis partout. La salle dans laquelle le cristal était analysé faisait 4x6m, le robot 1x2m et le cristal environs 0,1mm. Le plus drôle était quand on devait decongeler le cristal pour un petit moment pour enlever les cristaux d'eau autour : desactictiver le faisceaux, debloquer la cage, entrer dans la cage, decongeler le cristal, pousser plein de boutons pour montrer qu'on a verifié dans tous les coins de la cage qu'il y ait plus personne, bloquer la cage et reactiver le faisceaux :D
Mes cristaux ont donné un "data set" ce qui est magnifque même si la résolution n'était pas au point que l'on aurait souhaité.
Vous aller vous moquer de moi mais j'ai vraiment bien aimé tout ca et je peux très bien m'imaginer de faire un peu plus de cristallo dans le futur ;)

Comme vous pouvez le constater je prends toujours longtemps à écrire mes aventure.s J'ai beaucoup de boulot mais j'aime bien ce que je fait donc ca me dérange pas. Par contre, je lutte souvent avec la traduction francaise parce que j'en ai marre d'écrire toujours deux fois la même chose ! Ne soyez pas triste mais ca me fait tellement du bien d'écrire en allemand vue que je parle que de l'anglais et du francais toute la journée.



 Johanne und ich.
Johanne et moi.


Von außen.
De l'extérieur.



Ich würde euch gerne mehr Bilder zeigen aber ich weiß nicht, ob ich Bilder vom Inneren zeig darf!
J'aimerais bien vous montrer plus de photos mais je sais pas si j'ai le droit de montrer des images de l'intérieur !

Daher noch  "Frühling in Cardiff"-Photo:
Donc encore une photo "Printemps à Cardiff :



Kommentare:

  1. Tu aurais dû venir en option avec AL, Po! et moi et tu en aurais bien bouffée de la Xallo... Depuis perso j'en ai fait un peu une overdose mais je comprends ta fascination!!
    Je comprends aussi que tu veuilles parler/écrire un peu ta langue maternelle, c pour ça que je suis au Tessin moi après tout ^^
    Bisous ++

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  2. Pas sure que je me serais amusee en option GAP ;) Ya pas assez d'immuno :D

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  3. Ben... pour moi non + y avait pas bcp d'immuno évidemment - moi je compte aussi continuer en PhD dans ce super topic!!! Ceci dit ce que j'ai appris en GMV m'a énormément plu et juste le fait de ne pas voir un certain connard (je reste polie) m'a bien aidée psychologiquement ^^ bisous!!

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